一般的育苗方式经常会有疾病危害、而且育出的小苗较弱小、需要耗费很多的工力；采用穴盘育苗疾病的危害则大大减少、节省时间、节省功力、育出的小苗也比较强壮。
二、如何对穴盘进行选择：
1、颜色以黑色为佳、开口呈方形或倒梯形。开口呈圆锥形或者不是倒梯形的穴盘，小苗的根部会绕着周围成长，这样对于根部的发展有不利的影响；如果选择的穴盘是透明的，且有较高的透光能力，根部被光直射可能会死亡，所以在选择时以黑色、倒梯形、方口的穴盘为宜。
2、穴盘上孔的数目。不同种类的蔬菜应选择不同数目的穴盘；茄果一类的最好选择72孔穴盘，瓜类的最好选择50孔穴盘，椒类的则最好选择105孔穴盘。
三、如何选择机制并对穴盘进行填充
如何选择基质：育苗效果最终的好与坏，基质起到最重要的作用，使用及之后育出的小苗有些出现质量不好或长势不齐等现象，小苗挺弱小，没有选择合适的基质是最大的原因，在基质如何选择上需要注意以下几点：第一点对于水和基质一定要有适当的容量，可以对水分有一定的保持作用；第二点一定要有适当的孔隙度，在保持水分的同时还要保证一定的透气性，可以为育苗的过程中提供充足的水分，还有对于酸碱度，普遍需要保持在5.5-6的PH值，基质使用的材料一定要一致。对于穴盘的填充：首先对基质进行喷水湿润，有60%左右的含水量就可以了，手握一下成团状，但是不能从指头缝里滴出水来，放手以后，还要试团装，不过用手捅一下可以散开。在对其进行填充的时候要以统一的标准统一的填充，填进的材料最好保持统一的数量，播种完成以后在出苗的时候可以比较好的做到均匀，并且更方便管理。
四、如何对基质进行打孔和以后播种时需要注意的事项
蔬菜种类不同打孔深度也不同，茄果一类需要打1厘米左右的孔，叶菜一类要打0.5厘米左右的孔，瓜类则需要打1.5厘米左右的孔；打孔深度不同是因为种子大小的不同（打孔器）。
在播种之前为避免土传疾病的传播可以使用这个方法，使用药剂进行预防，可以使用百菌清稀释800倍以后的溶液做喷雾，在小孔里直接放入种子就可以了。
五、如何对基质进行覆盖
在覆盖时要是种子四周保持适当的透气性和湿度，在盖平的时候可以选用大颗粒的蛭石，覆盖完成以后为了预防土传病害的发生，需要再用百菌清溶液进行一次喷洒，之后附上地膜进行保水，剩下的就是等着小苗长出了。
六、对于播种以后的长苗时期该如何进行管理
1、对于水分的管理：盖料以后要对其浇一次水，这次浇水的量一定要大，要求把基质充分浇透，这是为保证种子发芽之后可以的根系状况较好。
2、预防疾病：对立枯病，猝倒病等常见疾病的预防（百菌清）。
3、膜的覆盖：保持水份保持温度，直到种子发芽、拱土开始的时候将膜揭掉，以防发出的芽被烧坏烫坏。
4、保持温度：使棚内的温度控制在28-30摄氏度之间即可。
七、小苗长出以后如何管理
水分方面：采用穴盘进行育苗的方式会较快的蒸发水分，所以就会比较缺水，不过水量也不可太多，受了涝就会出现徒长的现象。通常晴天需要每天喷水两次，分别在上午和下午进行浇洒，浇水的量控制在穴孔的一半左右即可；若果是阴天，只需在上午喷一次就行了，切记不可缺了水，如果缺水小苗会打蔫，是后面的分化也受到影响，最终使产量低下。
温度方面：以黄瓜为例，白天控制在25-28摄氏度，晚上则在12-15摄氏度左右。
防病方面：用多菌灵稀释500倍后的溶液，每隔10-15天对其喷洒一次，按这样对其持续2-3次的喷洒，阴天的时候在下午或者傍晚使用烟雾机250-300克/亩对其进行烟熏处理。